长三角地区知识技术密集，各类人才荟萃，是全国创新资源和创新成果最集聚的地区。目前，长三角区域科技合作体系已经初步建立，区域合作的层面不断拓展，范围不断加大，方式不断创新，但也存在一些问题，主要是：
1、缺少区域科技合作的协调机构，导致科技资源重复配置与浪费现象。这种情况一方面导致科技资源闲置，另一方面又导致三地在高科技研究上的重复建设，严重浪费科技资源。长三角区域的行业协会大多仅是地方性的民间组织，很难承担起跨区域协调的重担，导致高校、科研院所与企业、市场的联系不甚紧密，一些企业也缺乏科技合作的热情和动力。
2、产学研结合仍有待于提高，互惠共赢的合作机制尚未真正形成。突出表现在两个方面：一是创业孵化水平不高。现有的200多家创业服务载体，平均单个载体孵化面积只有3万平方米左右，相当一部分孵化器专业化服务能力较低。二是创业风险投资发展不足，与发达国家一般相当于GDP总量1%的投资比例相距甚远。创投资金大多具有政府性质，与真正意义的风险投资相距甚远。
3、高新园区科技创新的先导作用不够。除上海张江高新区的创新实力较强位居全国前列之外，R&D经费投入、技术性收入、创办科技机构数量等与创新能力直接相关的排名中，长三角其它园区都未能进入前五名；每万人拥有发明专利数全国平均为56件左右，超过这一比例的高新区有12个，而长三角也只有张江高新区一个。
4、一些企业技术创新水平不高，处于全球产业链的低端。仅48.3%的大中型工业企业开展科技活动、28.6%建有自身研发机构，R&D经费占销售收入比例只有1%左右。最具创新活力的民营科技企业每万人专利申请数和授权数也都只有广东的70%左右。高新技术产业专利80%集中在产业链的中低端，核心技术的掌控能力不强。此外，高校、企业等在科技项目申报和研究中存在低水平重复的同质竞争，造成产业低端重复研究，而863、973等国家重大科研项目却竞争不足。
5、高层次创新人才相对不足，人才吸引力亟待增强。长三角高层次的创新创业人才仍无法满足地区社会发展需要，总量短缺明显。国内高层次人才流向江浙的仅占5-6%，国家973顾问组、国家863领域主题专家数量江苏分别为1人和10人，浙江分别为2人和7人，合在一起也不足全国的10%，与拥有的人才总量不相称。
推进长三角科技合作与科技创新，必须坚持以市场为基础、企业为主体、政府引导、多方参与的原则，重视区域产业的错位发展和产品的差异性发展。为了让江苏在进一步推进长三角科技合作进程中发挥重要作用，建议：
1、大力推进制度创新，以制度创新促进长三角的科技合作与创新。制度是影响经济增长、科技创新的最重要因素，有什么样的制度就有什么样的科技创新绩效。在推进长三角区域科技合作与创新过程中，首先要破除影响长三角区域科技合作与创新的行政障碍，打破行政壁垒与各自为政的状态，促进科技合作、推动技术外溢，用市场的办法引导区域市场主体积极进行科技合作创新；其次要通过三地政府共同创新制度，供给出一个有利于激励市场主体进行科技创新的制度体系和平台，让企业成为区域科技合作创新的主体；再次要按照国际规范或经验创新制度，为人才培养与引进、研发投入及风险投资等提供制度保障；第四，我省应主动进行全面接轨上海的制度创新，做好承接上海技术扩散外溢方面的制度创新，节约我省技术创新的研发成本。
2、积极争取将长三角科技合作与科技创新上升到国家层面。申请建立长三角自主创新综合试验示范区，培育具有国际先进水平的高新技术产业，促进各类创新要素和生产要素的自由流通，逐步形成统一的税收、土地、金融、人才等创新创业政策体系。设立“区域公共技术创新基金”。对于那些能让多个产业同时受益的“区域公共技术”，可先由“区域技术创新基金”出资，发起合作开发计划，吸引长三角企业自愿参加，在此基础上激发企业的自主创新意识。
3、积极参与建立和完善公共服务平台与中介服务平台。一是在设备共享的基础上，逐步实现科技文献信息库、企业技术需求项目库、科技计划项目库等各类数据库共享；探索相互开放国家级和省级重点实验室、孵化器、中试基地、技术标准检测机构等科技资源；联合共建科技教育信息网、大型公共仪器设备服务网、高技术信息库、国家技术标准库和专家库。二是相互开放科技中介市场，首先在科技成果、技术产权交易、科研攻关、科技咨询、风险投资、无形资产评估等方面开放市场，逐步形成长三角科技统一大市场。三是逐步实现两省一市共同认定高新技术企业、高科技成果和产品，共同认定技术经纪资格，共同认定科技查新报告，共同认定科技评估机构资格及无形资产评估机构资格等。
4、积极探索推进区域产学研合作，推动区域科技合作协调机构建立。可通过多种途径，探索区域产学研的新模式，鼓励高校、科研机构和企业共建研发基地，提升合作层次。鼓励长三角企业之间建立技术联盟、专利联盟等多种形式的产业联盟，推进产学研和上下游企业间创新资源的有效整合，推动形成跨区域的产业协同创新网络。支持具有长期竞争力项目的长三角联合攻关，加强前沿性、基础性、公共性项目的区域内合作，提高平台建设的起点与研究水准，力争建成一批能跻身世界科技前沿、参与国际竞争的科研中心。
可以长三角区域创新体系合作框架为基础，探索建立一个“多方参与、开放共享、联合攻关、互动创新”的协调机构，在规则制定、体系建设、制度完善、平台构建、监管措施等方面扩大开放性，有效促进知识、技术和人才等创新要素实现跨地区的自由流动仍存在不少障碍，逐步改变目前长三角创新活动自成体系、相互之间缺乏联系和互动的现状。
5、积极参与建立和完善长三角科技合作与科技创新的投融资机制。一是将目前的长三角联合攻关资金扩充调整为长三角自主创新专项资金，重点围绕国家战略和长三角经济社会发展的重大需求，开展联合攻关。二是完善风险补偿机制，共同建立贷款担保风险准备金制度。鼓励南京银行、上海浦东发展银行、宁波银行、浙商银行等加大对科技企业信贷力度，同时降低银行对高科技企业的贷款风险。三是共同出资设立长三角创业风险投资引导基金，并适当吸纳金融、保险等资本参与，重点扶持生物医药、集成电路、软件、新能源与新材料等高科技企业发展，支持跨省市开展创业风险投资活动。四是争取国家发改委批准，设立长三角产业投资基金。以集合投资的方式，向社保、保险、商业银行、政策性银行、投资公司等募集成立。组建专门的资金管理公司，实行市场化运作，主要投向高技术新兴产业。
6、建设创新型的龙头大企业，提高企业技术创新能力。加大财政对共性关键技术研发及产业化的支持力度，突出重点、增加投入，力争在一些战略产业和领域实现跨越式发展。鼓励企业加大科技创新投入，建立与高校、研究机构的合作与战略联盟，形成企业在科技创新上的竞争优势。通过引进国际先进技术提升和增强自身的自主创新能力，重视对引进的高、精、尖技术的系统消化、吸收和创新。吸引跨国公司在长三角区域内建立研究开发机构，鼓励三资企业加大对研究开发经费的投入，参与政府科技项目的投标，发挥三资企业在科技创新中的作用。除此之外，要积极引导有条件的高校、科研院所和企业参与重大科技项目研究；同时，适当设置门槛，减少科研活动的低水平竞争。
